军事上设立军机处，负责镇东大将军府麾下三军事宜，设军机大臣若干，负责制定战斗方略，招募兵马，打造军械，筹措粮草等。
另外还设有暗部，负责情报工作。
戒律司，负责监察官员，惩治官员违法乱纪，设立戒律大夫职位。左仆射房玄龄
右仆射李善长。
吏部长史管元纬。
户部长史祖士远。
礼部长史娄敏中。
兵部长史金翅大鹏伍云召。
刑部长史房玄龄兼任。
农部长史管元纬兼任。
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