因为经费足够的原因，《超能失控2》不再使用之前的伪记录风格，而是采用大量的长镜头语言，用以渲染出更接近真实的效果来。
而剧情就像陈晨所说的那样，电影的时间放在了第一部的十年后，表哥马特环游了世界，最后却返回了他成长的这座小镇，随后却发现当年的地洞竟然被政府改造成了地下基地。
地下基地里，水晶中的外星植物早已死去，不会再产生新的辐射，于是那块巨大的海胆水晶便被政府分割成了数千块。
数千块水晶中，每块都含有一部分外星植物的力量，这些力量被用来制造了几百名超能者。
这些超能者和主角的能力近乎完全一样，都是可以凭思想来移动物体。
可是，因为他们每人都只吸收了一两块水晶，因此能力的强度和成长性完全无法和第一部的三名主角相比，只能勉强能控制一些诸如硬币、昆虫之类的小玩意。
同时，表哥马特还发现，原来当年的安德鲁并没有死亡，而是一直处于植物人的状态，被政府秘密研究着。
可是随着马特的到来，两人原本的心灵感应再次被激活，于是沉睡了十年的安德鲁，终于苏醒了……
电影的结局，则是两人又一次的大战，不过和曾经比起来，两人的力量再度增涨，已经达到了堪比小超人的程度。
十年前，安德鲁只能抵挡子弹，可是十年后的两人，却连战斧导弹都可以轻易抵挡。
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