杨广也拗不过黄明远，这时裴蕴提议，行台仍设六曹，但不置尚书，只以侍郎领之。如此既不误事，也比尚书省的规格低了一筹。
黄明远这才勉强同意。
黄明远不愿设六曹尚书，树大招风这些影响还是小事，主要是他身边亲信，能担任者太少。若设此职，则六曹势必为朝中重臣分领，则行台将多了一群掣肘之人。黄明远可不愿平乱之前，先费一番功夫去和这群人争权。
现在六曹侍郎，职务低了一重，但权利不减一分。李子孝、夏安恂、张季珣各兼领一曹，再加上温彦博和陈孝意，也只有杨师道算得上天子的一颗钉子。但他身处最末的工曹，对于大事实在是无能为力。
行台既设，六曹分立，下面的属官则从各地抽调，基本上以丰州和辽东、幽州出身的属吏为主。
黄明远又以剿匪的名义，从京中各馆阁中，调出了大批的舆图、律令、图书、民册等。
九月五日，黄明远辞别天子，率行台官吏北上。
此次北上，黄明远的家属依旧是留在洛阳。本来黄明远想带上裴淑宁，这几年夫妻聚少离多，裴淑宁吃了很多苦。但因为身领行台的原因，裴矩等人皆劝黄明远将裴淑宁留下，虽说如此实际意义不大，但毕竟也是对天子、对朝廷的一个态度。
黄明远有些犹豫。
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